申請國家高新技術企業(yè)認定失敗的原因可能涉及多個方面，主要包括以下幾個關鍵點：

1、申報資料不完整

企業(yè)在申報過程中未能嚴格遵守材料提交的要求，導致關鍵文件缺失。例如，財務資料、知識產(chǎn)權證明材料和研發(fā)費用專項審計報告等未能成功上傳。

2、知識產(chǎn)權問題

企業(yè)擁有的專利可能為實用新型或外觀設計專利，這些專利的技術含金量不高，無法取得高分甚至不得分。此外，部分企業(yè)通過外購或權利轉讓獲得專利，但未經(jīng)過消化吸收直接應用于生產(chǎn)，缺乏研發(fā)過程。

3、人員問題

企業(yè)在申報時可能存在科技人員工作時間難以確定、研發(fā)人員身份難以確認、研發(fā)人員比例不準確等問題。例如，外聘科研人員的到崗時間難以判斷，研發(fā)人員同時擔任管理人員，以及瞞報少報生產(chǎn)人員總數(shù)等。

4、高新技術收入占比不達標

企業(yè)的高新技術產(chǎn)品(服務)收入占總收入的比例未達到規(guī)定的標準。這可能是由于貿(mào)易收入、技術含量低的產(chǎn)品收入、產(chǎn)品歸集收入范圍過大或證明材料不足等原因導致。

5、研發(fā)費用核算不規(guī)范

企業(yè)未對研發(fā)費用進行單獨核算和專賬管理，研發(fā)費用的歸集數(shù)據(jù)不準確，或者研發(fā)人員的工資計算歸集不準確等。

6、財務存在問題

年度審計報告中可能存在注冊會計師出具的“保留意見”，或者企業(yè)自行修改納稅申報表，存在作假問題。

7、產(chǎn)品銷售與發(fā)票開具問題

發(fā)票不開具高新產(chǎn)品名稱，或者發(fā)票、銷售明細賬上的貨物名稱難以確定是否屬于高新產(chǎn)品。此外，部分企業(yè)的高新產(chǎn)品銷售收入與納稅收入日常申報資料數(shù)據(jù)不一致。

8、研究開發(fā)管理制度文件問題

企業(yè)提供的研究開發(fā)管理制度文件可能千篇一律，未能根據(jù)企業(yè)實際情況制定，全部為網(wǎng)上模板，實際得分低。

綜上所述，企業(yè)在申請國家高新技術企業(yè)認定時，應嚴格遵守申報要求，確保所有材料完整、準確，并加強對知識產(chǎn)權、人員、收入、研發(fā)費用等方面的管理，以提高認定成功率。